林文玲的研究進路是以「社會－文化」與具歷史意識的多重場域民族誌方法，對台灣原住民族於視覺與數位科技、性別文化以及偏鄉原住民道路基礎設施各個面向進行深入分析，歷年具體研究成果包括三個部分：
「當代原住民研究：影片媒體、照片檔案以及數位科技」之研究方向，呼應視覺人類學對文化「他者」及其再現美學與政治學的敏銳觸角，持續關注台灣原住民族的影片製作、數位進用、呈現的議題與提出的立場，以及因影片攝製、數位介入所開啟的對內或對外之社會關係的重組與連結。原住民族照片檔案之研究，著重在照片影像之時空「重訪」，並沿著感官民族誌的研究取徑，探索記憶、地方、情感以及台灣原住民研究的學科建制。而台灣原住民族與數位科技的議題，主要觀察與辨析原住民族人如何藉由數位媒體、網際網路以及行動科技，進行線上串聯、拓展虛擬言說空間，提出原住民族關於土地、文化、自決、語言、教育以及生計權利的主張與論辯。
「性／別研究」立基在生理性別（sex）、社會性別（gender）以及性慾特質（sexuality），與文化之性別概念以及社會體制的應對、互動的交織現象，區分有跨性別以及原住民性別「他者」兩個研究方向。跨性別研究留意性別作為個人身分、身體形塑以及自我意識的構成之外，更將研究範圍擴及跨性別、變性者與醫療體制的關係，以及跨性別者於性別二元之框架與規範當中，如何建立親密關係、「成家立業」以及生養小孩的社會文化議題。在原住民性別「他者」的研究，承接本人對原住民族社會變遷以及文化轉化的長期觀察，除了認識「族群」是構成原住民族的身分與認同之外，並且注意到部落生活的血緣、親緣以及地緣因素，所構成的社會關係網絡，對性別「他者」的生存樣態，產生千絲萬縷的深刻影響。
「原住民偏鄉道路基礎設施」研究，延續偏鄉地區原住民族群數位邊陲處境（marginality）的認知，擴大至道路基礎設施的政經分配以及布建狀態。道路作為基礎設施的重要環節，能夠建立網絡，促進貨品、人們或創意的流動，並允許它們跨越空間進行交流。然而基礎設施所促進的流動與交流並非均質，不同所在、人群或國界，有著不甚相似的連結、不被連結或（被）阻斷的日常或可能。本研究將於不同尺度挪移，一方面著力於原住民偏鄉道路的構建，對人地關係所造成的改變，展現的國家治理型態，以及從中顯示的空間與權力的連結及其變化。再一方面也將探析這些政治力所帶來的改變，如何在個人與族群文化的感知、邊界或意義的建構上發生效應、產生影響。
本人近五年所執行的研究計畫主要區分為三個方向﹕一為「原住民族與數位科技之研究」﹔二為「原住民性別『他者』部落『姊妹』研究」﹔第三部分為「跨性別、台灣變性醫療與田野研究」。通過前述各有分殊的三個研究主題，卻同時觀察到，視覺（the visaul）成為當代文化構成的重要元素。視覺的文化形成，已逐漸自成一項意義之體系，並透過新媒體與數位科技進行呈述，創生其論述，進而對學術研究、社會教育、族群文化、身分認同、跨文化溝通以及公共論辯產生反饋，發生影響。因此關注並追蹤由文化所建構、承載論述話語的視覺性（visuality）及其感知、意義之表述，如何出現於特定的社會文化場域，經由人們的介入，於不同的田野（sites）與視野（sights）之間轉進來回，逕自重新連結，產生演變或轉化，一種跨視域性（transvisuality）之現象，將為本人未來研究規劃與探討聚焦之所在。
由於人們如何去看（see）、看到何物或看不到什麼，實際上取決於他是誰以及他在哪裡，也就是關於視覺／觀看所座落的社會文化脈絡，如何形塑、組織「看」與「看（不）見之物」，規範其關係並決定其意義。原住民族的部落a-dju「姊妹」長久以來，是一群不被看見的性別「他者」，而台灣原住民族則往往被視為族群／文化的「他者」，兩者皆是在一定的場域（location）與觀看關係（viewing）中凝結形成。然而關於原住民族刻板形象、固定想像的社會議題，在「跨」視域所承諾的跨越、超越或通過的方法題旨，以及所隱含的重新鏈結（binding）當中，將拓展出認識的不同面向。目前不少原住民族人已由「他者」移駐到「自我」位置，並透過線上線下的網絡，招募不同主體位置的參與者、經營各式媒介，拋出關於族群、文化與權利的多元呈述以及言說形構。這些鑲嵌於政經商等文化脈絡，以及糾葛著多源性歷史傳統等不同意識型態或經驗系統的呈述與言說，具體展現了跨視域的中介、連結與實踐，從中浮現的即是當代原住民族人的自我界定以及觀看世界的方式。
對於生活在部落的a-dju「姊妹」之研究上，發現a-dju「姊妹」有別於當代以個人為中心的性別認同之（分析）模式，其性別之存在樣態交織在親緣、血緣與地緣還具效力的日常生活與社會關係當中生發與實踐。部落a-dju「姊妹」的性別，凸顯性別的社會互動意涵以及關係性（relationality）的持續經營以及相互肯認的動態過程。五、六年級生的部落a-dju「姊妹」與年輕一輩的a-dju「姊妹」雖然都以a-dju「姊妹」稱呼自己與彼此，然而部落生活環境的變遷與更迭、教育、生計、信仰與少子化諸項因素，加上文化環境以及資源、資訊交流管道的有無，使得不同世代的部落a-dju「姊妹」有了不太一樣的性別存活樣態與可能方式。這是原住民性別「他者」研究可以持續追蹤探索的議題現象。
目前LGBTQ的原住民朋友，成立「原住民阿督守護聯盟」（簡稱原督盟）臉書社群，引申阿督（a-dju）作為原住民多元性別的稱呼，並透過臉書介面集結各方原住民朋友，聲援性別事件以及原住民權益爭取的各項運動。原督盟清楚標舉此社群聯盟之主要任務在於：站出來捍衛、守護原住民／性別多元的場域，奪回自主的詮釋權。「阿督」的形象、意象與想像的創發、流通以及意義形塑、回饋與社會介入，是鬆動與翻轉原住民族性別「他者」的既定觀看視角，同時也是認知到性別所交織與共作的族群、地方、階級以及自我置位的議題與現象。部落a-dju「姊妹」跨越與轉換媒介（transmediation）而成的「阿督」，不僅止於網際網路上已然成為號召台灣原住民族LGBTQ集結的重要形象符碼，相關題材的影片與故事也陸續推出，本研究將持續專注並加以深化探討。
承接對視覺影像的關注與興趣，本人亦將結合照片的感官民族誌研究（sensory ethnography）以及數位資料庫的建置，發展以原住民族為主體的相關研究計畫。具體構想將以中央研究研院民族學研究所數位典藏中的「田野照片」為對象，進行分析、探討。這批數量龐大的「田野照片」自1950年代以來，由民族所研究人員於進行田野調查的同時所拍攝下來，有相當比重是以當時分類的台灣原住民九族為對象。影像紀錄了地點、人物、祭典、物質文化、工藝技術、村落、房舍、道路、以及環境等各項內容。這批已數位建檔的「田野照片」為1950以來的台灣原住民部落留下寫實的影像「檔案」，其中影像所「凝結」的過往之人物、文化、地方與環境，以及所「寫入」的台灣原住民研究的蛛絲馬跡，都敘說著跨文化（transcultural）遭遇的諸多場景及其重要意涵。有鑑於此，本研究將「重回現場」藉由照片影像的觸性並輔以動態影像素材，針對這批「田野照片」進行具反身性的民族誌感官取徑之研究，以揭露時空層層套疊的照片影像，觸發研究參與者的記憶、情感、體驗，敘說關於祖先、傳統、文化、地方以及自然與環境的種種。
此外當前以文字媒介以及專業學科框架建置而來的台灣原住民族知識系統，自日治以來逐漸發展成型，並分別隸屬於人類學、民族學、歷史學、社會學以及原住民研究等專業領域，多少呈現為「他者」／文化知識之屬性。原住民研究領域近年來已有不少學者，開始嘗試以原住民族為中心的知識體系之建構，立意良好、成果卓越。然而從知識傳播以及議題交逢的諸多場域，觀察到關於台灣原住民族的傳統、歷史、文化、復振、權利的討論，於觀念、見解、資料、論述、意義或者呈現之介面，有著難以親近的問題並存在諸多知識上的隔閡。本研究藉由照片影像重新探訪合併感官民族誌所具備的反身性特徵，穿梭在視覺影像的諸多觸面，尋索具身（embodied）、具地（emplaced）以及多重感官（multisensory）的看見、理解與知識的途徑。前項嘗試面對已然建置的台灣原住民族知識體系，將於知識屬性、分類範疇、媒體介面、閱聽眾的面向展開諸多對話，並能夠於知識的加值應用有所推進。
世界各地的原住民族利用數位科技、互動媒體與網際網路所從事的活動範圍頗為廣泛，諸如獲取社區提供的服務、文化復振、和解、泛原住民連結網絡、公共關係、主權運動、解放運動以及共同目標夥伴關係等。而能夠使用這些新技術所帶來的好處，它的前提是資訊與科技的基礎設施必須到位。由於各地原住民族所處的國家、治理、政經條件以及資源環境有所差異，他們連結上網的方式，以及意圖去改善或解決的問題因此也顯得不同。在數位的生活世界當中，並非人人在同一起跑點上，有著相似的軟硬體設備，以及無窮連結上網的條件。數位「邊陲處境」描繪了偏鄉地區的原住民族人，進用數位工具與高速網路的機會仍然遠遠低於主流社會。數位時代的「邊緣性」（marginality）將不再只是一個與「空間」概念或地理區位密切相關的詞彙，而是一個牽涉到有形、無形的「距離」、「距離感」與「距離阻隔」，並坐落於一定的空間與權力關係裡，同時具現某種空間包括中心與邊緣隱喻的複合體。
台灣原住民族青年於全球化、政治經濟、國際情勢、區域關係以及治理型態的多重作用因素之下，藉由數位科技以及新媒介的各種助力，已然自主展開多元多樣的表述行動。這些原住民族年輕人企圖批判地參與、介入既已成形的論述、立場或正在實施中的法令、政策，持續驅動符合原住民利益與存續發展的權利、自決以及主權之訴求與主張。前述觀察的落實一方面透過追蹤近年來發生的原住民族社會文化事件，所提出的族群自決、土地、主權論述之建構以及與國家關係的思考，訴求的自治與自決的形式與實質內容。再一方面聚焦這些論述或主張如何透過不同媒介（身體、文字、影像、論壇、事件、表演、藝術），連結跨地域的全球原住民族，進行生產、製造與傳播，論辯關於主權概念、自治與自決的形式與內涵、主體性以及標舉（具差異的）主張。
原住民族與數位行動科技的研究將探尋、剖析照片、影像、youtube、現場直播、地圖、文化意象此些視覺素材，如何橫向連結，被引用、切割、轉譯、改寫，併置或重組於網際網路空間，進而產出、生發與傳播當代台灣原住民族爭取權益的多元表達與訴求。此項對原住民族群身處數位環境的邊緣處境、有所差異的使用現象以及社會介入之研究，將透過跨視域研究取徑所倡導的跨越、超越以及通過的方法題旨，從視覺生態（ecologies）的路徑，辨析視覺性（visuality）與物質性（materiality）的相互作用（interplay），審視視覺如何在多重的網絡（networks）、層次／階序（hierarchies）與權力的話語（discourses of power）當中被形構而成。原住民族人運用多元視覺素材所構築的意義言說，反映的是當前文化日益由視覺所形塑之重要面向，以及圖像的生產、流通、接收，美學形式以及文化環境的視域轉動。更擴大來看，此項跨視域連結之研究，將突破有形無形的疆域、界限，並從文化形成的固定而單一的想像中鬆綁，更為務實地掌握當代文化的生成變化，以及人們或有不同的看世界方式。