胡台麗早期的研究主題為臺灣農村工業化與社會變遷，探討臺灣社會由農業快速轉向工商業的經濟與文化因素，特別著重於農村所形塑的小型工業之特質及其與傳統家庭觀念與婦女地位變遷等關聯性；此外，對隨國民政府移入台灣的外省籍退伍軍人（榮民）之族群關係與認同進行研究。
之後發展「文化展演」研究，包含臺灣原住民族祭儀樂舞之研究，例如以賽夏族的矮人祭與排灣族的五年祭的歌詞「文本」為記錄重點，置於動態的祭儀展演脈絡中觀察，以發掘文化的深層意義；調查訪問排灣族鼻笛、口笛吹奏者，揭示排灣笛的不同傳承系統與意涵，且為情感和美感的研究奠基；再透過人類學實踐式的參與，從原住民祭儀樂舞之舞臺化展演過程中發現各文化對展演真實有不同的詮釋與框架；另外擴及民族誌紀錄片的攝製。
胡台麗在民族誌紀錄片領域長期耕耘，從1984年起，共編導攝製了8部民族誌紀錄片，透過部落、電影院和國內外廣泛的放映與座談，與被攝者與觀眾作最直接的交流，從實踐中產生文化反思的功效。例如《蘭嶼觀點》一片中「多重聲音」（multi-voices）彼此激盪，展現豐富多樣的詮釋與反思；《讓靈魂回家》紀錄了參與Kakita’an祖屋重建的太巴塱年輕人的文化復振夢想與行動，以刺激部落文化溯本歸源，在新的時代產生新的生命；在拍攝《愛戀排灣笛》的過程中體悟到排灣族對於「影像」的獨特在地文化認知，進而挑戰觀察性紀錄片的「真實」。
胡台麗後期還發展排灣族巫師祭儀文化的研究，記錄分析排灣巫師的唱經與入神展演、巫珠的神奇性、巫師傳統的衰微與傳續，並作巫文化的跨地域比較。
胡台麗研究旨趣簡介
1) 臺灣農村工業化與社會變遷之研究——胡台麗的博士論文主題是透過臺灣農村的人類學參與觀察研究，探討臺灣社會由農業快速轉向工商業的經濟與文化因素。特別著重於農村所形塑的小型工業之特質及其與傳統家庭觀念與婦女地位變遷等的關聯性。研究成果呈現於專書：《媳婦入門：田野心影錄》（1982）和 My Mother-in-law's Village: Rural Industrialization and Change in Taiwan（1984）。農村非正式的小型工業和後來盛行的遊走於法律邊緣的「大家樂」賭戲與祭拜行為皆是臺灣社會「非正式部門」的特殊發展。針對這些現象的研究，有助於瞭解變遷中的臺灣社會，並與其他社會的發展經驗作比較。
2) 臺灣「族群」中的外省籍退伍軍人（榮民）之研究——胡台麗從解嚴前便開始從事當時屬於敏感議題的臺灣外省籍榮民之研究。台灣外省籍退伍軍人是臺灣社會中的新移民，而且具有相當獨特的屬性。他們一方面長期受「優勢少數」的政軍權力核心所庇護，另一方面在本省人的意象中則屬於「弱勢少數」。研究結果之一是發現他們在海峽兩岸政治時空環境阻隔下，婚姻、性、家庭無法正常發展，讓他們產生移情作用，對領袖（蔣中正父子）、國家（中華民國）、黨（國民黨）視為一體之延伸，夾雜愛怨交織的「圖騰」情感。榮民的族群關係與認同是研究主題，也是從另一個面向探討臺灣社會有異於其他社會的特質，以及人類社會「圖騰」情感產生之條件。胡台麗攝製的「石頭夢」民族誌紀錄片是以影像描繪榮民在花蓮河川新生地上的農場所建立新移民社區。透過婚姻關係，外省榮民與本地多族群混融，產生特殊的文化現象。
3) 臺灣原住民族祭儀歌舞之研究——原住民族祭儀歌舞中蘊含了許多文化密碼有待仔細解讀。胡台麗對祭儀歌舞的文本（歌詞與禱詞）著力甚深。記錄、翻譯文本之餘，再探求文本與祭儀歌舞動作間的關係。祭儀「文本」主要是指祭儀中代代相傳固定不易變更的神聖祭儀語言包括歌詞。胡台麗以賽夏族的矮人祭與排灣族的五年祭的「文本」為記錄重點，並置於動態的祭儀展演脈絡中觀察，以發掘文化的深層意義。例如發現了存在於賽夏文化中的「疊影」現象，影響賽夏人文化記憶之形塑。另外在排灣族針對「活化文本」亦即祭儀語言「展演」的整體情境作詳細的描述分析，藉此重新檢視排灣族一些極為根本而重要的概念，對學者過去的理解有所修正。胡台麗企圖超脫結構功能的論述進入詮釋的領域，亦即進入原住民更深邃的關於生命意義的心理世界。
4)「文化展演」的研究——「文化展演」（cultural performance）涉及「文化呈現」（cultural presentation）與「社會實踐」（social practice）的問題。胡台麗在文字方面的成果主要集結於《文化展演與臺灣原住民》（2003）一書。通常人類學者一提到「文化展演」，就會聯想起包含許多視聽動感元素的祭儀樂舞，而祭儀樂舞的內容與形式分析便成為研究「文化展演」的學者之最愛。但胡台麗覺得人類學的「文化展演」概念如只運用於儀式的展演與類顯得狹隘，極可能將所研究社會對於「真實」與「展演」的區分掩蓋了。在這本書中所談的「文化展演」雖然涵蓋臺灣原住民社會的祭儀樂舞，可是「文化展演」的概念並不限於原住民部落實際的祭儀樂舞展演，還包括其他在視聽方面表現突出的文化活動，特別是以視聽呈現為主體的民族誌紀錄片，以及原住民祭儀歌舞的舞臺化展演。文化展演的內容與形式一方面是人類學研究和分析的對象；另方面則是經由文化展演，人類學知識得以傳播與實踐。胡台麗透過人類學實踐式的參與，從「展演事件」中發現不同的文化對展演的真實有不同的詮釋並賦予不同的框架。例如在賽夏族經驗到真實與展演、我群與他群界線模糊的「交融性」文化真實，在排灣族則經歷到界線清晰的「區隔性」文化真實。胡台麗認為任何對社會實踐有興趣者必需致力於「文化真實」的探索，以認清所處的「社會實踐」之情境。
5）民族誌紀錄片的攝製——從1984年到2012年，胡台麗編導攝製了8部民族誌紀錄片：《神祖之靈歸來》（Return of Gods and Ancestors）、《矮人祭之歌》（Songs of Pasta'ay）、《蘭嶼觀點》（Voices of Orchid Island）、《穿過婆家村》（Passing Through My Mother-in-law's Village）、《愛戀排灣笛》（Sounds of Love and Sorrow）、《石頭夢》(Stone Dream)、《穿過後》（After Passing)、《讓靈魂回家》（Returning Souls)。胡台麗強調民族誌電影要與被攝者與觀眾作最直接與廣泛的交流，從實踐中達到文化反思的功效。例如從《蘭嶼觀點》一片可以發現「多重聲音」（multi-voices）彼此激盪，展現豐富多樣的詮釋與反思。在《穿過婆家村》紀錄片中企圖在「自己人」（insider）與外人（outsider） 間求取平衡，呈現出人類學者與被研究者間的複雜情愫，不斷在emic主觀投入與 etic 保持客觀的角色中轉換， 探討臺灣人及臺灣社會以何種態度面對變遷。《讓靈魂回家》紀錄了參與Kakita’an祖屋重建的太巴塱年輕人的文化復振夢想與行動，以刺激部落文化溯本歸源，在新的時代產生新的生命。胡台麗在拍攝《愛戀排灣笛》的過程中體悟到排灣族對於「影像」的獨特在地文化認知，進而挑戰觀察性紀錄片的「真實」。
6）排灣族鼻笛、口笛的研究——除了「愛戀排灣笛」民族誌紀錄片，胡台麗在排灣笛方面的文字研究成果主要集結於：《排灣族的鼻笛與口笛》（2001）一書，連同CD錄音帶與錄影帶及錄影光碟片由國立傳統藝術中心籌備處出版。本書先透過地毯式的搜尋，調查訪問了現今還會吹奏排灣鼻笛、口笛者，揭示了排灣笛的不同傳承系統與意涵，探討雙管鼻笛產生的原因，並記錄族群歷史與個人生命經歷和特殊樂器之間的關連，為從排灣笛擴展到排灣族情感與美感的研究奠基。
7）文化與情感、美感的研究──胡台麗與許木柱、葉光輝共同編輯了《情感、情緒與文化：臺灣社會的文化心理研究》（2002）一書，在導論中指出此研究興趣的發酵，與國際人類學與心理學界這些年來的一些發展趨勢緊密相連。超脫早先將emotions置於個人化的心理生理層面，而非文化的與象徵的研究，探討不同文化中情感、情緒的意涵。在此書中胡台麗發表「笛的哀思：排灣族情感與美感初探」一文。從臺灣排灣族較固定不變的聲音模式例如笛聲出發，發掘哀思情感（tarimuzau / mapaura 或 paurauran）是排灣族人最喜愛、最高度認知的情感（hypercognized emotions）。另外，作者還發現排灣族的哀思情感也是一種美感（samiring）經驗，並提出哀思的情感與美感極可能是排灣文化中最具解釋力與涵蓋性最大的「正向」概念，是排灣文化得以延續的主因。2011年胡台麗出版《排灣文化的詮釋》專書。這本書除了聲音模式，還進一步從排灣族流傳久遠、極具代表性的圖像文飾與口語傳說的田野資料中，找尋排灣族高度認知的情感及美感，並據以支持和突顯意圖以「情感/情緒」詮釋文化現象的理論取向。
8) 巫文化研究──胡台麗在《排灣文化的詮釋》（2011）一書中便嚐試記錄並分析排灣族女巫師在古樓村最盛大的五年祭中唸與唱的祭儀專屬經語，並從古樓祭儀經語「文本」發現排灣文化中非常重要的「家」（umaq/qumaqan）和「村」（qinalan）是人/神格化、有生命、有力量的「活的」存在，而祭儀中女巫師輕微地對手中豬骨哈一有氣，更有將豬骨化為祭獻「活豬」的神奇效用，超越了「物」的物質性限制，為文化詮釋指引新的方向。胡台麗2007年起和民族所同事劉璧榛共組「當代情境中的巫師與儀式展演」研究群，邀請在台灣原住民社會進行巫師與儀式田野資料採集的研究人員參與，共同探索台灣原住民族群中巫師的角色與儀式展演變遷。此研究群的初期研究成果呈現於2010年由胡台麗和劉璧榛主編的《台灣原住民巫師與儀式展演》專書。之後此研究群將視野擴及國外，積極參加國際巫文化研究會議，並主辦“Shamanic Chants and Symbolic Representation”國際會議。該會議審查通過的文章在SHAMAN: Journal of the International Society for Shamanic Research中以特刊形式發表。胡台麗近期發表的文章聚焦於排灣巫師的唱經與入神展演分析，並作跨文化比較。