本人長期思考男性支配與台灣原住民族主體（再）建構的問題。以曾是母系的噶瑪蘭族與阿美族社會為主要田野，探討性別範疇化及概念化在社會繁衍（生物性、經濟性、政治、文化及宇宙觀）過程中，如何成為權力的效力與工具。八０年代以來，人類學對性別關係的研究，從聚焦社會關係與經濟生產之間分析不平等來源，轉入探討象徵再現與性別支配之間的關連性。如Godelier（1982）研究男性支配時，提出象徵實踐（symbolic practice）的概念，認為是透過一套以男性為權力中心的象徵再現（representation）在運作，才使女人處於控制權力的邊緣成為社會事實。Sanday（1981）也強調在歷史過程中文化系統之影響力。筆者於兩族社會中發現，其象徵再現與當今的文化實踐與男性中心社會差異甚大，因此從此點切入，一來可以豐富母系社會的民族誌，也可釐清性別關係與再現之間的複雜關係，而在理論上有新的視野。筆者聚焦分析其社會中，流動的性別意義與權力關係，如何透過象徵被連結起來，而在日常生活不同的層次活動中被（再）生產出來，如在飲食、身體（血等體液）、病痛、儀式、親屬關係、經濟活動與當代的文化展演中。
當今在原住民族不斷地去殖民，尋求歷史正義與轉型正義的浪潮中，本人另一個研究在重新檢視研究者與被研究者、統治者與被統治者、觀看者與被觀看者之間多重交疊互動的關係。筆者企圖從當代的巫師祭儀、治病儀式與竹占展演中，分析其與外在不斷變化中的歷史社會情境如何進行互動、調整與協商。這些原具展演特質的文化，隨著受外來的帝國體系、殖民體系、現代國家或是資本主義及全球化的影響，逐漸轉變成不僅是部落內部的文化組織或是象徵的機制，而成為被精心策劃組織的一種行為的重建（這正是展演概念的關鍵過程所在），搖身一變成為民俗表演或生態觀光的吸睛亮點、物質與非物質的文化資產／遺產 、博物館收藏與展示的對象觀光、博物館收藏與展示化資產（物質與非物質）有，或是以視聽影像的樣態出現在主流社會的文化機制中。在經歷了相當複雜的權力互動與主客體交錯過程中，臺灣原住民族又（再）建構出怎樣的主體 。
研究成果出版《認同、性別與聚落：噶瑪蘭人變遷中的儀式研究》一書，獲2009年國家出版獎的肯定。2011年獲科技部吳大猷獎。2011年與胡台麗合編《台灣原住民巫師與儀式展演》一書，為第一本從跨文化比較的視野，探討台灣原住民女巫師的特殊性與區域性的書。今年再度編輯《當代巫文化的多元面貌》新書，將比較擴展到中國與東南亞。2017年持續推動台灣原住民族研究，主編《當代台灣原住民族的文化展演與主體建構：觀光、博物館、文化資產與影像媒體》一書。
1. 性別研究
筆者十多年來（1991～）一直致力於性別支配的研究，主要的問題意識環繞在性別範疇化及概念化 （categorization and conceptualization of sexes）在生產、社會再生產（生物性、經濟性、文化及宇宙觀）與區域交換中，如何成為權力的效力與工具。而分析的方法是研究象徵的實踐過程，看表面上與男/女無直接關連的符碼，如何存在於每個人親密的內心深處，同時也是存於矛盾的、非個人化的再現系統 （system of representation）中，並且透過神話的述說、儀式的舉行、禁忌的遵守、日常生活或生命的實踐過程，象徵成為了一種社會事實 （social reality），為人與自然、想像的超自然、人與人自己、男人與女人等社會關係的建構基礎，甚至是一種現實行動的準則。換句話說象徵實踐的解讀就是一種社會關係建構過程與社會邏輯的解讀。
筆者於1993年起專注於散居花蓮、臺東、宜蘭、臺北等地噶瑪蘭族人的田野調查，於2004年完成以「Mtiu （女巫師群） : 噶瑪蘭社會中的性別、親屬、shamanism及女性權力 (1895-2000)」為題的博士論文。此論文就是將gender的研究，由組織、制度、經濟生產、交換或親屬的分析，轉入對再現系統 （representation）與象徵實踐（symbolic practices）的研究，看在噶瑪蘭這個女性擁有特殊權力的社會中，其宗教、親屬、政治與經濟範疇如何在特定的歷史脈絡中，與其再現系統associate起來。此研究成果，引起法國學界注意的還有性別、權力與財富之間關連性的省思，筆者提出在以男性為主big man, great man 權力類型之外，女性家長（財產累積）與女巫師為主的權力（財產象徵性分享、消耗）相互corporate power的另一類型，而這種社會中男性卻是流動的、被「交換」的對象，男性的權力本質跟財富積累、再分配無關，而其status的獲取是每個人都可以競爭的、功勳積累的(merit)，相當地個人化。
2. 象徵生態學
近年來，延續過去長期對噶瑪蘭的田野，筆者將研究的對象擴大至鄰近的北部阿美族。目的除了希望能在國內著重漢化研究觀點的平埔研究，與臺灣南島語族研究之間，建立一個東部區域內比較研究的橋樑外，在理論建構的企圖上，還希望能建立一個區域性的南島母系（或到雙系、cognatic）的文化區域地景 （landscape）內，性別互動的關係模式 （local models），到作為一個更大的性別理論global paradigm建構的基礎。而比較分析的重點，延伸至象徵生態學，把親屬的交換理論與shamanism的連姻交換理論結合起來批判，透過分析人與動物（野鹿、公雞、豬）之間的關係，來看這關係如何再被被巧妙的運用來建構或象徵兩性策略性的權力政治 （strategy of sexual politics），換句話說，在複合的親屬關係、生產關係與權力關係之中，野鹿/公雞到野鹿/豬這些象徵結構的實踐過程，顯示出個人與個人或男/女群體之間，一種支配的社會關係之重要形式。因此應該可以進一步發展成線性、descent、flow of life及exchange ideology結合性理論。
3. 女性為主/男性為主 社會的比較研究
除了專研女性有較特殊位置的社會中，其性別權力運作邏輯之研究外，筆者中長期目標也將研究延伸到，東部區域間互動頻繁的父系社會之再現系統 （representation）中的野鹿/豬、野鹿/公雞等象徵結構的比較，如太魯閣族群；接著再到漢人的賽豬公、東南亞以男性為中心的鬥雞，及美拉尼西亞、波里尼西亞中社會中，女人飼養的豬文化之比較。目的是從噶瑪蘭族及北部阿美族的本土田野出發，再藉由亞太區域間女性為主/男性為主性別關係不同的社會之比較研究，來重新檢視西方人類學、社會學發展出來的性別理論，以及幾個重要的分析概念，如性別「平等/不平等」（Leacock 1972,1981; Sacks 1974, Sanday 1974, 1981; Ortner 1974, 1984; Friedl 1975, Rosaldo 1974, 1980, Strathern 1987）或「層級化」「互補」（stratification, Schlegel 1977）「階序、支配」關係（Godelier 1984, Bourdieu 1998）, 「相對價值觀」（relative or absolute value, Catherine Alès & Cécile Barraud 2001）等。
4. 再現系統中的衝突研究：米鹽相剋
另外，從臺灣、東南亞及大洋洲的民族誌閱讀中，與噶瑪蘭族、北部阿美的巫師祭儀研究中（Kizaiz/Milechuk），發現米、鹽在不同的社會中，與生命力相關的儀式裡，如成巫禮、男性成年禮、漁獵相關祭儀等，有完全相反的象徵功能。因此延伸發展出來另一個研究的主軸：儀式象徵與經濟人類學的結合研究，並且將田野調查、比較的研究對象，從噶瑪蘭、北部阿美（米與生命連結較強）擴展到蘭嶼的達悟（鹽與生命連結較強），發展花蓮、臺東蘭嶼整個東部的區域性研究。此計畫的問題意識環繞在：小型地方性社會內部，在前資本主義的生產邏輯中，如何藉由衝突的象徵結構：米與鹽來建構社會秩序與宇宙秩序，並且藉由儀式的機制及相關組織來建立社會生產關係，並進行實質的分配及象徵性的再分配。因此鹽、陸稻、小米、水稻、獵物在生產（漁獵/農耕）與再生產（文化、生物性或經濟性的）中所扮演的角色，儀式及其相關的禁忌與經濟生產、生態環境的分析連結是未來研究的主軸。
5. 男性傳教士 v.s 女性巫師
對於外來宗教，特別是宗教職務以男性為主的宗教，對原住民社會內部性別範疇化、權力變遷、認同的影響，也是筆者關注的問題。目前正進行interface為主題，關於花蓮法語傳教士，如何進入社區與當地人互動的民族誌電影拍攝計畫。另外，在對這些傳教士研究、資料收集的過程中，發現M.E.P（巴黎外方傳教會）及Chanoine du Grand-Saint-Bernard（瑞士），從1822年、1868年或1945~不同時間內，有不少阿美語、泰雅語、太魯閣語語彙的採錄、珍貴的民族誌手稿，描述風俗的書信等，引起筆者對藉由傳教士的書信研究，來解讀十九世紀臺灣在歐洲勢力衝突下，整個歐亞世界為整體一環下，臺灣的地位、原住民的獵頭與貿易交換關連的問題之研究興趣。