我的研究興趣有兩個主軸。
第一個來自童年經驗。由於生長在東台灣鄉間，從小就有機會接觸台灣原住民。在面對「異文化」的諸多好奇中，「為什麼那麼多原住民接受基督宗教」最吸引我。於是，探討台灣原住民族1950年代後大規模接納基督宗教的過程、動力、意義與影響，便成為我學術研究的起步。從1980年發表了生平的第一篇論文〈傳統社會與西洋宗教──三個台灣高山族的例子〉，到1995年完成的博士論文Religious Change and Continuity among the Ami of Taiwan，至現在執行中的科技部專書寫作計畫（地方社會的向心與離心：池上平原的多元宗教格局），一路輾轉。在這段漫長的探索過程中，為了更了解什麼是宗教，以及人在生活世界中的創造與侷限，涉入歷史、認知、族群等主題的研究。我的田野以阿美族為主要研究對象外，更擴及東台灣的撒奇萊雅族與漢人，甚至雲南的苗族，以進行比較。
其次是期望學術對社會有更直接的回饋。這樣的想法由於2013年間借調花蓮的東華大學得以落實。當時擔任科技部「新世紀東台灣的脈動──經濟生活、人文創新與社會培力」計畫的共同主持人兼執行長，與校內二十多位不同學科背景的老師合作，以東臺灣的秀姑巒溪流域為主要場域，目標是結合學術研究與社會實踐。不但讓自己對東台灣有更深刻的了解，也開啟了學術生涯的另一扇門。2016年2月借調期滿，歸建中研院民族所。基於先前的研究經驗，我與幾位同仁於同年6月間在民族所成立「區域研究與區域治理」研究群。以人類學為基礎，希望透過區域研究掌握台灣社會當代處境，一方面提供不同學科對話的機會，另一方面讓學術研究可以跟社會實踐結合。
我目前的研究計畫與上述兩個主軸有關。除了上述專書寫作計畫外，我主持兩個整合型計畫，其一是中研院客家計畫，以台東縣的池上、關山、鹿野為範圍，以「族群、產業與地方社會發展──以池上客家為中心的跨學科探討」為主題，共有六個子計畫、八位不同學科老師參與；另一是以花蓮、吉安、新城為範圍的科技部整合型計畫：「歷史、地景與文化再創造──奇萊平原原住民族研究」，有六位老師執行六項子計畫。
我認為，不論是理論上的探討，還是學術的社會實踐，區域都是一個很好的平台。我的期待是，我們能以區域研究的視野，跳脫原住民研究與漢人研究的分野，從人的創造性與侷限性出發，探討歷史過程中，個人、社會／文化與環境之間的關係，以期對不同面向既有整體又更深一層的理解，包括我所興趣的宗教與族群。另一方面，我們將研究焦點放在文化治理與產業治理，探討學術研究與地方社會共同發展的可能。
(一) 台灣南島民族的宗教變遷：研究生涯的起點
由於生長在東台灣的花蓮鄉間，從小就有機會接觸台灣的南島民族──也就是目前一般所謂的原住民。在面對「異文化」的諸多好奇中，「為什麼有那麼多的原住民會接受西洋宗教」始終是最吸引我的問題。後來進入台灣大學考古人類學系就讀，並在1980年發表了生平的第一篇學術論文〈傳統社會與西洋宗教──三個 台灣高山族的例子〉。從此之後，探討台灣南島民族在1950年代以後集體皈依基督宗教的的過程、動力、意義與影響，便成為我最感興趣的學術目標。
(二) 宜灣阿美族的宗教變遷：1995年以前的主要研究成果
1983年進入中央研究院民族學研究所工作之後，開始以阿美族為長期的調查研究對象。雖然曾先後參與不同的研究計畫，但核心問題始終環繞著阿美族的宗教變遷。1986年7月之後，我將調查重心放在台東縣成功鎮轄下的宜灣，最主要的成果呈現在1995年完成的博士論文Religious Change and Continuity among the Ami of Taiwan。以今日的視野來觀察，這本學位論文提出的問題比解決的問題還多，但當時所累積的經驗與觀點，卻是之後十年個人研究工作的新起點。
(三) 宗教、歷史與認知：1996至2005年間的三個研究重點
在這十年之間，我的研究重點環繞著以下的三個主題：
阿美族的宗教變遷：延續博士論文的旨趣，之後發表了兩篇這方面的英文論文。這兩篇論文的一個共同主題是：基督宗教對宜灣阿美族而言，是屬於白人──強而有力的外來者，但又不是直接的統治者──的宗教，接受這樣的外來宗教，有利於阿美族對抗漢人的宰制，對他們的文化認同不但未必構成威脅，反而還有幫助。由於有這樣的理解，我開始注意阿美族的異族觀，也認為它可以做為一個「窗口」，掌握阿美族的社會文化變遷現象。另一方面，從博士論文開始我就非常強調從個人的層次來分析宗教變遷，因此對於村落中不同基督教派的興衰，是從領袖人物的合縱連橫來分析。這樣的觀點在我處理宜灣的歷史發展時有相當大的影響，也是我會對認知人類學產生興趣的背景之一。
從歷史人類學角度來探討阿美族的社會文化變遷：「歷史」是這十年間最主要的研究重點，《異族觀、地域性差別與歷史──阿美族研究論文集》一書便是收錄七篇1997至2002年間所發表過的文章，並另外撰寫了一篇導論而構成。此書除了凸顯異族觀在阿美族研究上的意義外，也觸及了阿美族社會文化地域性差別的問題，但貫穿全書的架構則是「歷史」的諸多層面，以及此一架構在討論異族觀與地域性差別時的不可或缺。
同樣於2005年出版的《國家、村落領袖與社會文化變遷》一書，則將焦點放在一個特定的村落（宜灣），並針對特定時期（日治時代），處理阿美族社會文化變遷的歷史過程。該書的關注焦點是：日治時期宜灣阿美族的社會文化變遷，由於「國家」是此時期造成變遷的最主要外在動力，因此以之做為探討的重點。另一方面，延續我由個人切入討論的興趣，該書以村落領袖做為銜接國家力量與阿美族社會文化內在動力的中介人物，更視為是文化再創造的核心人物，藉由村落領袖的起落為主軸，試圖討論「歷史」與「文化」之間的複雜關係。
認知人類學的探索：此方面的研究仍屬暖身階段。一個基本的想法是，期望透過對此一層面的掌握，能對人類學知識性質與研究方法有較為新穎的見解。換言之，我希望能將「文化」與「認知」同時放進研究的架構中，一方面肯定「文化」概念在人類學研究中的必要性，另一方面則從「認知」的角度對「文化」概念做一新的省思。
(四) 最近十幾年間的研究重點
最近十幾年來的主要工作內容，可以分成兩個面向來說明。
首先從人群類別來看，1980年代起即關心的阿美族仍然是主要的研究對象。奠基於先前在東台灣原鄉的研究成果，這個階段的成果有以下數項：1.將視角擴展到都市地區；2.延續筆者提出的異族觀論點，進一步分析相關現象；3.綜合性的整理與分析；以及4.以宗教變遷為主軸，比較不同地區阿美族之歷史與社會文化發展。也於2010至2014年間執行「國家、基督宗教與社會文化變遷：西部苗族與臺灣阿美族的比較」科技部計畫，重點在於透過雲南苗族的比較，凸顯臺灣阿美族接受基督宗教的特性。撒奇萊雅族的研究開始於2006年，2008年之後陸續有中英文著作發表。這些文章，部分是文獻的回顧與整理，部分是田野資料的蒐集與呈現，但也有些是綜合文獻與田野，試圖與族群理論對話。除了阿美族與撒奇萊雅族的研究之外，也開始探討東臺灣的客家與西拉雅族。不過都屬於基本調查性質，深入的研究仍待後續努力。
其次從議題層面來看，這段時間致力於三方面課題：宗教、族群與認知。宗教方面主要是環繞台灣原住民的宗教現象，特別是以阿美族為主要的探討對象。族群方面主要是以撒奇萊雅族為探討對象，但也觸及理論方面討論。認知方面，除了一般性的回顧外，也寫了一篇從認知層面探討族群的文章。
比較特殊的是，2013年間由於借調到花蓮東華大學，有機會擔任科技部「新世紀東台灣的脈動──經濟生活、人文創新與社會培力」三年期計畫共同主持人兼計畫執行長。與校內二、三十位不同學科背景的老師合作，目標是結合學術研究與社會實踐，以東臺灣中段的秀姑巒溪流域為主要場域。不但讓自己對東台灣有更深刻的了解，也開啟了學術生涯的另一扇門。
(五) 執行中計畫與未來展望
2016年2月借調期滿，歸建中研院民所。基於先前的研究經驗，我與幾位同仁於同年6月間在民族所成立一個「區域研究與區域治理」研究群。主要是希望以人類學為基礎，一方面提供不同學科合作對話的機會，另一方面讓學術研究可以跟社會實踐結合。而區域是我認為很好的一個平台。
一九七○年代的「濁大計畫」是跨學科整合的一個典型。計畫結合了自然生態與社會人文的不同研究取向，不但為台灣的漢人與原住民田野研究奠定紮實的根基，更面對當時正朝向現代化發展的台灣社會處境，與當時的現代化理論直接對話，對台灣人類學在民族誌與理論的探討上，有著長遠的影響與貢獻。
濁大計畫之後四十年的今日，全球化的發展日趨明顯，特別是交通運輸工具與資訊傳播媒體的發展與普及，加速了人、物、資金、資訊的跨域流動，我們的生活世界面對從地方(社區、部落)、區域、國家到全球不同尺度的「多面向」挑戰。當代資本主義經濟的全球性運作與影響，特別是幾次金融風暴的全球性衝擊，使得世界的經濟、政治、社會與文化處於多變的局勢，全球性的環境變遷也是當前相當棘手的問題。面對當前處境與問題，不僅要有全球性及多面向的視野、認識與思考，也更有必要重新連結跨學科的視界，並以新的知識結合來認識與想像人類學研究的可能性。
在這樣的脈絡下，我們希望推動新的區域研究。民族所長期積累豐富的原住民部落或漢人地方社會的研究，面對跨界、流動、模糊的當代現象，我們必須對原有以地方社會視角尋求突破，而區域研究提供了以下的幾種可能：1. 具體掌握當代社會不同的結構性力量的競爭與推擠，2. 不同尺度研究視野結合的可能，3. 不同學科的對話可能。透過研究群的學術活動與對話，我們希望不只是知識上的努力與探索，同時更尋找一種社會實踐的可能。
我目前的研究計畫也與此研究群構想配合。除了個人型的科技部專書寫作計畫（「地方社會的向心與離心：池上平原的多元宗教格局」）外，我還主持兩個整合型計畫，其一是中研院客家計畫，以台東縣的池上、關山、鹿野三鄉鎮為範圍，以「族群、產業與地方社會發展─以池上客家為中心的跨學科探討」為主題，共有六個子計畫、八位不同學科老師參與；另一是以花蓮市、吉安鄉、新城鄉為範圍的科技部整合型計畫：「歷史、地景與文化再創造—奇萊平原原住民族研究」，有六位老師執行六項子計畫。
我的期待是，這些研究能以區域研究的眼光，跳脫以往原住民研究與漢人研究分離的模式，對於研究範圍內的不同面向有更深一層的理解，我自己感興趣的宗教與族群也包括在內。另一方面，我們也逐漸將研究焦點放在文化治理與產業治理，探索學術研究與地方社會共同發展的可能。