張珣研究興趣主要在臺灣漢人的多元醫療行為與民間宗教行為。多元醫療行為與醫療觀念乃針對臺灣漢人的身體觀念，健康和疾病的定義，傳統民俗療法的使用等作探討。對民間宗教行為的興趣最終企圖為臺灣漢人信仰體系建立一個宏觀的詮釋架構，而方法上則採人類學的田野調查法，配合大量的文字及文獻材料。人類學理論仍為本人的主要關懷，諸如Victor Turner 的ritual studies, performance theory 及 M. Foucault 與Thomas Csordas對 body and culture 等理論之運用（張珣《文化媽祖》2003）。從臺灣漢人宗教與醫療文化之研究，進而追尋漢人社會文化特質，本人最終要探索臺灣漢人文化與中國漢人文化之間的異同，變遷與轉化。
台灣社區公廟至今仍為地方上經濟、政治與公民意見的匯流中心，我以台灣最常見的媽祖信仰為例，觀察宗教儀式與神明教化所蘊含的傳統道德、倫理價值與時間、空間宇宙觀念。信徒在長途跋涉的進香儀式中加強並肯認了傳統的人生價值，將之延續到其日常生活中，成為俗世科學邏輯之外的另一套生活哲學，調和了個人與社會之縫隙，轉換了傳統與現代的差距。我也檢視了地方上不同人群與權力人士透過媽祖信仰與儀式，重新分配其資源與意見，以具有超越性的神明與具有豐富象徵性的儀式力量來協調世俗的競爭與衝突，從而提升或是轉型社區資源。（張珣主編《漢人民眾宗教研究》2013, Hsun CHANG and Benjamin Penny eds., Religion in Taiwan and China: Locality and Transmission 2017）。
1987年以來，媽祖信仰在兩岸宗教交流過程中具有帶頭作用，成為兩岸多元文化認同與政治認同之間重要的辯證例證。湄洲祖廟進香帶來台灣內部媽祖廟重新詮釋靈力與位階排列，台灣媽祖信仰也復振了大陸沿海省縣民間信仰與海外媽祖信仰，而於2009年讓媽祖信俗成功登錄為聯合國世界級無形文化遺產，讓我關注到宗教與無形文化遺產觀光與經濟效益帶給各地區的衝擊，廟宇重建，儀式復興，與人員組織改變，及intangible cultural heritage and authenticity等等議題。
此外，我延續民俗宗教醫療的興趣，結合感官人類學，物與物質文化理論，運用到宗教與醫療現象的分析，注重行為者（agent）的實作經驗，日常知識的身體實踐，以及觀念邏輯的物質基礎。例如，對於民眾養生用的「當歸」藥材（張珣〈文化建構性別：以當歸為例〉2007）與信眾拜拜使用的「香料」進行探討（張珣〈香之為物〉2006）。近年執行科技部的計畫而前往中國各地觀察民間信仰在華南恢復的現況，並將兩岸民間信仰進行人類學的比較。運用感官人類學到兩岸媽祖信仰的新現象分析，分析湄洲媽祖新美學塑造的石雕巨型神像在視覺效果上，起到了信仰標準化的作用（張珣〈媽祖造像〉2015）。
過去研究成果
1. 1985～1989：研究主題在 臺灣漢人的醫療行為與宗教行為。醫療行為主要是延續碩士論文以來的研究題目，針對臺灣漢人的醫療行為與信仰，對身體的觀念，對健康和疾病的定義，傳統民俗療法的使用等作探討。利用文獻及田野調查法來收集資料。由漢人醫療行為，進而深入民俗信仰的宗教部份，企圖在漢人民俗信仰中，不只對身體、疾病等有瞭解，也對其宇宙觀、神鬼觀、倫理價值觀等有探討。 因此，此時期著作中有醫療信仰，如《疾病與文化》，也有民間信仰及宗教組織等文章。
2. 1989～1994：到美國攻讀博士學位，密集且廣泛的理論及方法上的訓練，更加強了個人對人類學此一學科，及中國研究在人類學上的地位等問題之思考。諸如：(1)「人類學」作為一門學問，其社會文化脈絡及背景。(2)「文化」之被調查、報導、撰寫及建構，其背後之政治社會因素。(3)第三世界人類學與主流及歐美人類學之互動與對話，對人類學基本觀念及理論所產生的影響。(4)人類學家本人的主觀背景（時代背景、文化背景、性別、階層、學科專業訓練）與其研究主題與研究對象相互間的影響。(5)個人研究主題上，尤對醫療人類學及宗教人類學方面之發展多所關注，如 ritual studies, performance theory 及 M. Foucault 對 body and society 等理論之鑽研。
3. 1995～2005：僅有田野資料並不足以成為一門學問，徒有理論也無法理解本土文化現象，在 臺灣漢人 研究上，唯有以人類學最新理論來解釋臺灣本土之實際現象，才是人類學家應該做的事。在與其他文史哲學科進行科技合作 時，秉持人類學家立場，做出貢獻。此一時期醫療方面研究成果，以〈收驚儀式與漢人魂魄觀念〉以及〈道教中女人身體觀念〉兩篇論文最受矚目。尤其在1999年9月21日 臺灣中部大地震，收驚儀式受到精神醫學界重視之後，筆者該文起了領導研究的作用。宗教方面的研究，以《文化媽祖》一書為代表，將兩岸媽祖研究引向儀式理論分析的高峰，突破以往考證或是宗教組織的研究瓶頸。
縱觀多年來之研究著力於醫療及宗教人類學之論述。企圖為 臺灣漢人信仰體系建立一個宏觀的詮釋架構，而方法上則採人類學的田野調查法，配合大量的文字及文獻材料，主要因為漢人社會乃一有文字歷史的複雜社會，不能只靠田野材料，而應可借助其它學科的資料。但是人類學理論的關懷仍置主要位置，畢竟此為人類學異於其它學科之處，也是人類學對中國研究能有貢獻之處。
現階段研究計畫執行重點
2004年在民族所與同仁成立「醫療與身體經驗」研究群，重視身體感官經驗對人類文化的影響與作用，以別於以往過度偏重觀念或是認知層面的解釋，目前研究群有來自不同學術單位與不同學科的同好，企圖為「身體感」找尋理論定義與定位。筆者在以往研究基礎上發展「驚嚇的身體感」，以及「馨香禱祝：香料的使用與神聖感的引發」兩個研究計畫，目前以 臺北市保安宮為田野地點進行調查。針對華人焚香敬神行為與觀念作解釋與考察，說明宗教神聖感的來源不只是象徵性質的香或神像等等，焚香所引發的嗅覺、視覺、味覺等聯合產生的身體感，亦是相當具有決定性的。其次，區分一般人的「虛驚一場」與需要找神媒收驚的「驚嚇」之間的身體感覺的細微差異，在當事人的觀點來說，魂魄是否仍穩居身體之中，是最大關鍵差異。那麼，何謂「魂魄穩定」？便需要田野資料來說明。
宗教方面持續以大甲地區宗教為主軸，延伸到早期漢人與原住民宗教互動與交流的議題上，說明鎮瀾宮的建造可能與雍正十年大甲西社道卡斯族被平定與歸化有關。打破以往人類學界區分漢人研究與原住民研究二者互不干涉之藩籬，借重近年 臺灣史學界與平埔族研究之發現，做進一步的科技合作。
下一個具體研究主題是「香、供品與紙錢：神人的交換關係系統」，逐步地經由單項單個宗教項目之研究累積，進而走向整體漢人宗教系統之理論架構的建立，經由 臺灣漢人宗教與醫療次文化之研究，進而追尋漢人社會文化特質。最終，想要試探臺灣漢人文化與中國漢人文化之間的異同，以及 臺灣漢人文化的時代變遷與轉化。人類學的文化研究不是僅於抽象的文化符號系統，而要搭配實際的社會行為與現象，因而貼緊一個社會脈絡與個案的實證研究是不可或缺的， 臺灣社會與其來源地華南社會，便成為個人重要的觀察對象。
4.2005-2015：台灣社區公廟至今仍為地方上經濟、政治與公民意見的匯流中心，我以台灣最常見的媽祖信仰為例，觀察宗教儀式與神明教化中所蘊含的傳統道德倫理價值與時間空間宇宙觀念。信徒在長途跋涉的進香儀式中加強並肯認了傳統的人生價值，將之延續到其日常生活中，成為俗世時代科學邏輯之外的另一套生活哲學，調和了個人與社會之縫隙，轉換了傳統與現代的差距。我也檢視了地方上不同人群與權力人士透過媽祖信仰與儀式，重新分配其資源與意見，以具有超越性的神明與具有豐富象徵性的儀式力量來協調世俗的競爭與衝突，從而提升或是轉型社區資源。例如台灣近年社區總體營造過程中，公廟所起到的作用以及宗教文創產品所帶來的新資源。
結合感官人類學，物與物質文化的人類學理論，運用到醫療與宗教現象的分析，改善學界區分觀念/行為，認知/實踐，理性/情緒，心智/身體，研究者/被研究者等等二元對立的謬誤，注重行為者的實作經驗，日常知識的身體基礎，以及觀念邏輯的物質基礎。例如，對於民眾養生用的「當歸」藥材與信眾拜拜使用的「香料」進行探討。近年也執行科技部的研究計畫而前往中國福建、廣東與海南島等地觀察民間信仰在華南恢復的現況，並將兩岸民間信仰進行人類學的比較。運用感官人類學到兩岸媽祖信仰的新現象分析，發現湄洲媽祖新美學塑造的石雕巨型神像在視覺效果上，起了標準化的作用。